มีหลักฐานจากสูจิบัตรวันพระราชทานปริญญาบัตรของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ว่า พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรเสด็จฯ พระราชทานปริญญาบัตรแก่บัณฑิตมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เป็นครั้งแรก เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2493 โดยสถานที่ที่ใช้ประกอบพิธีพระราชทานปริญญาบัตรในคราวนั้นคือ ห้องโถงชั้นบนตึกสัตวบาล ซึ่งเป็นสถานที่พระราชทานปริญญาบัตรระหว่าง พ.ศ. 2493 - 2495 (อาคารหอประวัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ในปัจจุบัน) [102][103]

ต่อมาพระราชทานปริญญาบัตรและอนุปริญญาบัตรแก่นิสิตมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ที่สำเร็จการศึกษา ได้ใช้อาคารห้องสมุดกลางในขณะนั้นในระหว่างปี พ.ศ. 2496 ถึง 2499[104] และหลังจากหอประชุมใหญ่ดำเนินการก่อสร้างแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2500 จึงได้ใช้อาคารหอประชุมใหญ่ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เป็นสถานที่ที่ใช้ประกอบพิธีพระราชทานปริญญาบัตร ณ ภายในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ บางเขนในเวลาต่อมา

ในปี พ.ศ. 2520 ได้มีการย้ายสถานที่ในการพระราชทานปริญญาบัตรจากหอประชุมมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ไปเป็น อาคารใหม่ สวนอัมพร ซึ่งพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เสด็จพระราชดำเนินโดยรถยนต์พระที่นั่ง พร้อมด้วยสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี จากพระตำหนักจิตรลดารโหฐาน พระราชวังดุสิต ไปทรงประกอบพิธีพระราชทานปริญญาบัตรแก่ผู้สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ประจำปีการศึกษา 2519 - 2520 โดยอาคารใหม่ สวนอัมพร นี้ เป็นสถานที่พระราชทานปริญญาบัตรระหว่าง พ.ศ. 2520 - 2528[105]

พิธีพระราชทานปริญญาบัตรประจำปี พ.ศ. 2529 ได้กลับมาจัดในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์อีกครั้ง แต่เปลี่ยนสถานที่จากหอประชุมเป็นอาคารจักรพันธ์เพ็ญศิริ ซึ่งมีขนาดกว้างขวางกว่าและจุผู้เข้าร่วมพิธีได้มากกว่า โดยในวาระนี้พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรทรงประกอบพิธีเปิดอาคารจักรพันธ์เพ็ญศิริ ซึ่งตั้งชื่อตามพระนามพระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าจักรพันธ์เพ็ญศิริ และใช้เป็นสถานพระราชทานปริญญาบัตร ตั้งแต่ พ.ศ. 2529 จวบจนถึงปัจจุบัน[106]

หลังจากนั้นในปี พ.ศ. 2542 - 2543 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์พระราชทานปริญญาบัตร แก่ผู้สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ประจำปีการศึกษา 2541 ณ อาคารจักรพันธ์เพ็ญศิริ ภายในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ [107]

และในปี พ.ศ. 2544 ถึงปัจจุบัน พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร และพระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้ สมเด็จพระเจ้าน้องนางเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารี กรมพระศรีสวางควัฒน วรขัตติยราชนารี เสด็จพระราชดำเนินมาปฏิบัติพระราชกรณียกิจแทนพระองค์ในการพระราชทานปริญญาบัตร แก่บัณฑิต มหาบัณฑิต และดุษฎีบัณฑิต แห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์จากทุกวิทยาเขต โดยมีพิธีพระราชทานปริญญาบัตรของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในช่วงเดือนกรกฎาคมของทุกปี[108] ในปี พ.ศ. 2557 มหาวิทยาลัยได้เปลี่ยนเวลาการเปิดการสอนภาคต้นจากเดือนพฤษภาคมเป็นเดือนสิงหาคมจึงได้เลื่อนกำหนดการพิธีพระราชทานปริญญาบัตรเป็นช่วงเดือนตุลาคม